| RE F-007 |
| Whole exome sequencing in patients with retinitis pigmentosa |
| (1) Department of Ophthalmology, Samsung Medical Center, Sungkyunkwan University School of Medicine, (2) Samsung Genome Institute, (3) Department of Molecular Cell Biology, Sungkyunkwan University School of Medicine, Seoul, Korea. |
| Sang Jin Kim (1), Ah Reum Kim (2), Nayoung K. D. Kim (2), Chung Lee (2), Woong-Yang Park (2,3) |
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목적 : 망막색소변성은 유전자의 변이에 의해 발생하나 아직까지 발견되지 않은 원인 유전자가 많을 것으로 추정되며, 국내 환자들의 유전자 변이에 대해서는 잘 알려져 있지 않다. 본 연구는 한국인 망막색소변성 환자에서 whole exome sequencing (WES)을 시행해 원인 유전자 변이를 찾고자 하였다.
방법 : 망막색소변성 환자 21명 및 환자 가족 14명, 총 35명의 혈액에서 genomic DNA를 추출해 WES을 시행하였다. WES는 Illumina HiSeq4000을 이용해 시행하였다. 유전자 변이는 exome aggregation consortium (ExAC) 등 일반 인구에서의 유전체 데이타베이스, SIFT 등 기능적 이상 예측 알고리듬, 정상 가족과의 변이 결과 비교, 인간에서의 발현 조직 데이타베이스 분석 등의 방법을 이용하여 원인 변이의 가능성을 추정하였다. 발견된 유전자 변이는 이전에 망막색소변성과의 관련성이 보고된 유전자를 대상으로 1차 분석 후, 원인 변이로 추정할 만한 변이가 없는 경우 2차적으로 나머지 유전자의 변이들을 분석하였다.
결과 : 한 명 이상의 정상 가족을 포함하여 검사를 시행한 10가계(환자 13명)의 경우, 9가계에서 PDE6B, RP1L1 등의 유전자에서 병의 원인으로 추정되는 변이(likely pathogenic variant)가 발견되었으며, 2개의 유전자는 이전에 보고된 바 없는 새로운 유전자였다. 환자 본인만 검사한 8명의 경우, 6명에서 병의 원인으로 추정되는 유전자 변이가 발견되었다.
결론 : WES를 이용해 망막색소변성 환자의 다수에서 유전자 변이를 찾을 수 있었다. 이는 알려진 유전자들을 대상으로 하는 panel sequencing과는 달리 새로운 원인 유전자를 발견할 수 있는 장점이 있다. 향후 여러 종류의 망막색소변성 환자 다수를 대상으로 한 추가 연구가 필요하며, 이는 한국인에서 유전 진단과 유전자 치료법 개발에 도움을 줄 것이다.
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